A Malév arra kéri utasait, hogy indulás előtt tájékozódjanak, hogy melyik terminálról indul járatuk, illetve, hogy melyikre fog érkezni. A magyar nemzeti légitársaság javasolja továbbá utasainak, hogy legalább két órával a járat indulása előtt érkezzenek ki a repülőtérre.

Az új rendszer szerint Ferihegy 2A-n, vagyis a Schengen terminálon a forgalom 61 százaléka, míg a 2B-n, a nem Schengen terminálon, 39 százaléka bonyolódik majd. A 2A terminálon tehát lényegesen nagyobb forgalom lesz, ami egy check-in pultra a gyakorlatban a korábbinál nagyobb terhelést jelent. Emiatt a járatokra való bejelentkezésnél csúcsidőszakokban előfordulhat torlódás. Érdemes lesz az utasoknak ezért a 2A terminálon felállított maléves önkiszolgáló check-in automatákat használniuk.

A schengeni üzemelés miatt a Malév repülőgépei gyakran csak külső állóhelyet használhatnak – például, ha a repülőgép Schengen országból érkezik, de nem Schengenbe indul tovább –, ezért utasoknak a jelenleginél gyakrabban kell buszba szállniuk, az átszálló utasoknak pedig az időigényesebb tranzitidő jelenthet problémát.

Bár a Schengen legkézzelfoghatóbb hatása, hogy megszűnik az útlevélellenőrzés a schengeni tagállamok közti határok átlépésekor, de a check-in pultoknál – az utasazonosítás érdekében – továbbra is kérni fogják az útlevelet vagy személyi igazolványt. A schengeni térségen belül is szükséges az útlevél vagy személyi igazolvány, azt a tagállamok területein annak hatóságai bármikor kérhetik. Az utasbiztonsági ellenőrzés mind a schengeni, mind a nem schengeni terminálon gyakorlatban marad.