A Budapest–Esztergom vonalon az újabb menetrendi struktúra az utasok számára több előnyös módosítást hoz. A mindenhol megálló személyvonatok (S72) menetideje Budapest és Piliscsaba között 2-2 perccel csökken. Budapest-Nyugati–Piliscsaba viszonylatban 6 perccel, a Piliscsaba–Budapest-Nyugati vonalszakaszon 5 perccel csökken a gyorsított személyvonatok menetideje. Néhány kevésbé kihasznált állomás esetében a következő változásokra kell számítani:

• A Budapest–Esztergom között közlekedő gyorsított vonatok (G72) a magdolnavölgyi megállóhelyen
• Reggel a Budapestről, délután pedig az Esztergomból induló gyorsított vonatok Klotildligeten
• Reggel a Budapestre, délután pedig a Budapestről közlekedő gyorsított vonatok Pázmáneum megállóhelyen

nem állnak meg.  

A Budapest–Pusztaszabolcs vonalon a Budapest-Déli pályaudvarról 18:25-kor induló S40-es személyvonat munkanapok helyett naponta közlekedik.

A Budapest–Vác–Szob vonalon a Nyugati pályaudvarról 6:12-kor induló S70-es személyvonat munkanapokon meghosszabbított útvonalon, Budapest-Nyugati és Szob között közlekedik. A módosítással a Szobon tanuló diákok időben beérnek a 8 órai iskolakezdésre.

A Keszthely–Tapolca–Ukk vonalon a szombati, vasárnapi és ünnepnapi közlekedési rend szerint, Szombathely és Keszthely között közlekedő gyorsvonatpár kibővített közlekedési időszakban, egészen 2016. október 16-ig közlekedik.

A Budapest–Székesfehérvár–Tapolca vonalon egy személyvonatpár meghosszabbított viszonylatban, Budapest és Tapolca között közlekedik augusztus 29-től szeptember 25-ig naponta, szeptember 26-tól november 1-ig szombati, vasárnapi és ünnepnapi közlekedési rend szerint. A vonat odaúton Budapest-Déliből 8:25-kor, Tapolcáról vissza 15:50-kor indul.

A dél-balatoni vasútvonal felújításának folytatása miatt a Budapest–Székesfehérvár–Nagykanizsa és a Budapest–Dombóvár–Gyékényes vonalakat is érintő változás, hogy a Budapest és Zágráb között közlekedő AGRAM InterCity-vonatpár szeptember 12-től Dombóváron át közlekedik (Budapest-Keletiből 5:45-kor indul, illetve Budapest-Keletibe 16:14-kor érkezik; Budapest és Dombóvár között a pécsi InterCity-vonatok közvetlen kocsijaként közlekedik). A vonatpár megváltozott útvonala miatt új gyorsvonat közlekedik Nagykanizsa–Székesfehérvár–Budapest-Déli viszonylatban, illetve új személyvonat közlekedik Nagykanizsa–Gyékényes viszonylatban (Nagykanizsán csatlakozással a délelőtti első, Budapestről érkező ütemes gyorsvonattól).

A Somogyszob–Nagyatád vonalon két új vonat közlekedik, Somogyszobon csatlakozást biztosítva az AGRAM InterCity vonatokhoz illetve egy-egy vonat munkanap helyett naponta közlekedik.

A Székesfehérvár–Sárbogárd vonalon egy pár vonat meghosszabbított útvonalon, Székesfehérvár és Cece között jár, Cece–Sárbogárd–Székesfehérvár viszonylatban két órával később közlekedik (Székesfehérvárról 10 órakor indul, Cecére 11:26-kor érkezik).

A Sárbogárd–Bátaszék–Bajaés a Dombóvár–Bátaszék–Baja vonalon szeptember 1-jétől több vonat menetrendje, közlekedési korlátozása és viszonylata változik. A GEMENC Expressz-vonatok Cece–Baja viszonylatban megállnak Vajta, Nagydorog, Tengelic, Fácánkert, Tolna-Mözs, Őcsény és Decs állomásokon, míg Baja–Szekszárd viszonylatban Pörböly, Alsónyék, Decs és Őcsény állomásokon. A fenti viszonylatokban a vonatpár felár megfizetése nélkül vehető igénybe.

A Miskolc–Kazincbarcika–Ózd vonalon 9 vonatpár esetében megszűnik a kazincbarcikai átszállás, a vonatok közvetlenül közlekednek a borsodi megyeszékhely és Ózd között.

A Keszthely–Tapolca vonalona Keszthelyről Tapolcára 12:27-kor induló személyvonat szeptember 12-től nem közlekedik a vonat alacsony kihasználtsága miatt.

A Budapest–Miskolc–Sátoraljaújhely vonalon a tanítási időszakban péntekenként, illetve vasárnaponként közlekedő Hosszú Lépés gyorsvonatpár, a Füzér InterCity és a Zemplén Expresszvonat nem közlekedik. A két frekventált napon a szükséges ülőhely-kapacitást más vonatok erősítésével biztosítja a vasúttársaság.

A Budapest–Debrecen vonalon a tanítási időszakban pénteki, illetve vasárnapi közlekedési rend szerint közlekedő Kengyelfutó gyorsvonatpár a vonat alacsony kihasználtsága miatt megszűnik.