A 2013-as nyári időszakban a légitársaság 52 országba repül, ebből 6 CIS ország (Azerbajdzsán, Örményország, Beloruszia, Kirgizisztán, Ukrajna és Üzbegisztán). A légitársaság által kiszolgált célállomások száma 122 (ebből 75 Oroszországon kívüli), 49 Európában, 12 Ázsiában, 8 az USA-ban, 6 a Közel-Keleten és Afrikában található. Az Aeroflot a CIS régióban 11 úti célra repül: Baku, Bishkek, Donetsk, Dnepropetrovsk, Jereván, Kijev, Minszk, Odessa, Simferopol, Taskent and Kharkov, írja az FTN.
Belföldi járataikkal olyan orosz városok érhetők el, mint Abakan, Anapa, Astrakhan, Gelendzhik, Barnaul, Vladivostok, Volgograd, Yekaterinburg, Irkutsk, Kazan, Kaliningrad, Kemerovo, Krasnodar, Krasnoyarsk, Magnitogorsk, Mineralnye Vody, Nizhnevartovsk, Nizhny Novgorod, Nizhnekamsk, Novokuznetsk, Novosibirsk, Omsk, Orenburg, Perm, Petropavlovsk-Kamchatsky, Samara, Saint-Petersburg, Sochi, Surgut, Tomsk, Tyumen, Ufa, Khabarovsk, Chelyabinsk, Yuzhno-Sakhalinsk, Yakutsk.
A légitársaság új menetrendi járatot indít idén Abakanba heti hat alkalommal, Magnitogorszkba heti hét alkalommal, Novokuznetskbe heti hét alkalommal és Yakutsk heti hat alkalommal. Bővül az Aeroflot nemzetközi járathálózata is: naponta repülnek Görögországban Thesszalonikibe, és heti járom alkalommal Kanadában Torontóba. A hagyományosan téli desztinációkat, mint Innsbruck, Salzburg, Goa és Phuket, nyári úti célok váltják fel, Iraklion, Dubrovnik, Split és Tivat. Az Aeroflot újraindítja Gelendjik járatait is.
Az utasok kényelmesebb átszállási lehetőségei érdekében a légitársaság gyakoriságot növel a legnépszerűbb Moszkvából induló útvonalakon: Szentpétervár (heti 98-ből 105-re), Kaliningrad (heti 28-ról 35-re), Nizhny Novgorod (heti 21-ről 28-ra), Perm (heti 21-ről 28-ra), Ufa (heti 21-ről 28-ra), Vladivostok (heti 14-ről 21-re), Surgut (heti 7-ről 14-re), Kijev (heti 21-ről 35-re), Donetzk (heti 7-ről 14-re), Odessa (heti 7-ről 14-re), Isztambul (heti 18-ról 27-re), Róma (heti 14-ről 21-re), Belgrád (heti 7-ről 14-re).
A nyári időszakban is közlekedik az orosz légitársaság Tallinba, Miamiba és Tenerifére, amelyekre az idei télen nyitott járatokat.
