A családi vállalkozás alapjait a nagypapa, Gerard Adriaan Heineken vetette meg, ő vásárolta meg 1863. december 16-án Amszterdam legnagyobb, még a 16. században alapított sörfőzdéjét, a Hooiberget (Szénakazal), amelyet azonnal Heinekenre keresztelt át.

Az alapító az elsők között tért át a sör felső erjesztéséről a fenékerjesztésre, s szigorú minőségellenőrzést vezetett be. A cég kutatólaboratóriumának vezetője, Hartog Elion 1886-ban fedezte fel azt a féltve őrzött "A" sörélesztő-kultúrát, amely az ital utánozhatatlan ízét adja, s amelyet a mai napig kizárólag a Heineken használ. A hazai piacon már biztos pozíciókkal rendelkező vállalat vezetését 1914-ben vette át Alfred apja, Henry Pierre. Az ő irányításával indult meg a nagyszabású export és a külföldi gyárak építése, az elsőt 1931-ben az akkor még holland gyarmat Indonéziában adták át. Az amerikai szesztilalom feloldása után három nappal már sört szállítottak az Egyesült Államokba, ahol ma is a Heineken az egyik legkedveltebb import sör.

Alfred Henryt már születésekor a cég élére szánták. 1942-ben lépett be a családi vállalkozásba, majd 1946-ban apja New Yorkba küldte a márka amerikai importőréhez, Leo van Munchinghez tapasztalatot szerezni. A fiatalember itt ismerkedett meg a reklám és a marketing fontosságával, valamint Lucille Cummins-szal, egy whisky-gyáros lányával, akit feleségül is vett. Alfred észrevette, hogy a vevőkre mind nagyobb hatással vannak a reklámok, s erre alapozta üzletpolitikáját. "Ha nem lettem volna sörfőző, minden bizonnyal hirdetőügynöknek állok" - mondta később.

Amikor 1948-ban hazatért, nekilátott a családi vállalkozás újraépítésének. Apja ugyanis 1939-ben a tőzsdére vitte a céget, majd 1942-re a maradék részesedését is eladta. Alfred hitelből, titokban fokozatosan felvásárolta a Heineken-részvények felét, a teljes ellenőrzést 1954-re sikerült visszaszereznie. A sörgyár családi tulajdonban tartására bonyolult struktúrát alakított ki, a Svájcban bejegyzett családi befektetési társaság felerészben birtokolja a tőzsdén jegyzett Heineken Holdingot, amely ugyancsak fele arányban tulajdonosa a sörgyár részvényeinek.

Alfred Henry Heineken teljesen újraformálta a márka arculatát: az ő találmánya volt a mosolygó "e" betű a Heineken névben, ő döntött a zöld színű üveg mellett, és ő volt a világszerte ismert logó: a piros csillag, középen a fekete zászlócska és benne a Heineken felirat kitalálója. (A mai napig jellemző dizájnt 1964-ben vezették be.)

Messze megelőzve korát már akkor ösztönösen alkalmazta a marketing fogásait, amikor maga a fogalom még ismeretlen volt. Jelszava ez volt: "Nem sört árulok, hanem jó kedélyt". 1971-től 1989-ig a vállalatot elnök-vezérigazgatóként irányította, majd 1995-ig a felügyelőbizottság elnökeként tartotta szemmel cégét, s visszavonulása után is ott ült az igazgatótanács ülésein. Vezetésével a sörgyár sorra vásárolta fel az európai, ázsiai és amerikai cégeket, kötötte a licenc-szerződéseket, aminek eredményeként a Heineken-márka a világ mintegy 170 országában van jelen különböző termékek formájában. A Heineken a magyar piacon az 1990-es évek elején tűnt fel, amikor bevásárolta magát a Komáromi Sörgyár Rt-be. A magyar portfóliót képező Heineken Hungária Sörgyárak Zrt.-hez napjainkban a soproni és a martfűi sörgyár tartozik.

Alfred Heinekent - a királyi család után Hollandia leggazdagabb emberét - 1983-ban, nem sokkal hatvanadik születésnapja után álarcos fegyveresek rabolták el. Három hétig tartották fogva Amszterdam egyik külvárosában, egy elhagyatott faüzemben, enni naponta csak egyszer kapott. Három hét múlva engedték szabadon, miután családja kifizette a 35 millió guldenes (5 milliárd forintos) váltságdíjat. Az emberrablásról készült holland filmet 2011 októberében mutatták be, a történetet feldolgozó másik filmet most forgatják Anthony Hopkins főszereplésével.

A megszállottan dolgozó, de a munka mellett az élvezetekben is jeleskedő, népszerű közéleti személyiség e nagy megrázkódtatást követően már csak ritkán jelent meg a nyilvánosság előtt, akkor is testőrök kíséretében. Vagyonából szívesen áldozott társadalmi és kulturális célokra, megkapta egyebek között a francia Becsületrendet, hazájában 1999-ben az Évszázad Hirdetőjének, a Heineken sört pedig az Évszázad Márkájának választották. Apja emlékére hozta létre a H. P. Heineken alapítványt, amely a biokémia és biofizika kutatóit támogatja, egy másik alapítványa a tudományt és a művészeteket pártfogolja.

Utolsó éveiben sokat gyengélkedett, 1999-ben szélütés érte, de ebből még felgyógyult. Kevéssel halála előtt elesett, eltörte a karját. 2002. január 3-án, 78 éves korában tüdőgyulladás következtében halt meg noordwijki házában, örökébe egyetlen lánya, Charlene de Carvalho-Heineken lépett.