Az átlagos vízszint 20 centiméterrel marad az elmúlt évi alatt, s jelenleg - a medermélységtől függően - 50 és 150 centiméter között alakul. A szakemberek szerint az esetleges száraz, forró nyár, az intenzív párolgás következtében akár drámai is lehet a helyzet. Arra azért nem számítanak, hogy kiszárad Közép-Európa legnagyobb sztyepptava, de előfordulhat, hogy szükség lehet vízügyi beavatkozásra.
A probléma nem új keletű, a 19. század előtti időkben 100-120 évenként száradt ki a tó. Erre legutóbb 1868-ban volt példa. Az alacsony vízállás miatt korábban már megfogalmazódtak elképzelések az esetleges vízpótlásra. Erre a vizsgálatok szerint a Rába vízgyűjtő területe lenne alkalmas, már csak azért is, mert egykor a Répce és a Rábca vize is a Fertő tóba ömlött. Ennek ellenére ehhez az eszközhöz ökológiai szempontok miatt csak végszükség esetén nyúlnának a szakemberek, ezért inkább a levezetőrendszer működtetésével igyekeznek vízszint emelését elősegíteni.
A dolgot nehezíti az is, hogy az aszályos időjárás mellett, mivel erre is voltak már példák, fel kell készülni az esetleges árvizes időszakokra is. A másfél évszázaddal ezelőtti kiszáradás manapság azért sem történhet meg, hiszen az elmúlt időszakban Burgenland legfőbb turisztikai központja lett a tó és környéke. A tartományba érkező vendégforgalom mintegy fele ide irányul. Ebben szerepe van Bécs közelségének is, de a külföldiek körében is kedvelt úti célnak számít. Különösen a vitorlázók, a szörfösök, a fürdőzők, valamint a horgászok körében népszerű a Fertő tó. Erre az adottságra azonban a térségben ráépültek egyéb turisztikai ágazatok is, így a bor-, a kerékpáros-, valamint a fesztivál turizmus is. A tó nem csak a vitorlázók kedvenc terepe, hanem speciális, a sekély vízszintnek megfelelő hajók is hozzák-viszik a vendégeket, a települések, illetve az egyik és a másik part között. Egy bizonyos vízszint alatt akár ezek közlekedésében is zavarok lehetnek.
