A program előzményének tekinthető a 2000-2006 között futó Interreg III Közösségi Kezdeményezés, amelynek általános célja volt az Európai Unió egész területén megvalósuló, harmonikus, kiegyensúlyozott és fenntartható fejlődés elősegítése, határon átnyúló transznacionális és interregionális projekteken keresztül. A projektek leginkább kutatási, tervezési, szakmai együttműködési jellegűek, beruházási, vagy komolyabb beszerzési elemet nem tartalmaznak.
Az Európai Unió 13 makrotérségre van felosztva, amelyen belül Magyarország a közép-európai–adriai–dunai–délkelet-európai térség (Central Adriatic Danubian South-Eastern European Space - CADSES) tagja. A CADSES program hatékonyságának növelése érdekében az Európai Bizottság a 2007-2013-as időszakra ezt a makrotérséget két programtérre választja: a közép-európaira (CES) és dél-kelet európaira (SEES). Hazánk mindkét programtérben teljes területével részt vesz. Magyarország a délkelet-európai transznacionális programon belül kiemelt szerephez jut, mert a program kulcsintézményei Magyarországon fognak működni.
A délkelet európai együttműködési program az alábbi tervezett prioritások mentén épül fel:
Innováció és vállalkozások támogatása: a technológiai és az innovációs hálózatok speciális területeken történő fejlesztésének támogatása, és kedvező környezeti feltételek kialakítása az innovatív vállalkozások segítése érdekében
Környezet védelme és fejlesztése: az integrált vízgazdálkodás fejlesztése és az árvizek megelőzése, hatékony energia- és erőforrás-felhasználás
Az elérhetőség javítása: a közlekedési hálózatok fejlesztése a koordináció, a tervezés és a működtetés fejlesztésével, különböző stratégiák kifejlesztése a digitális világ kettészakadásának megakadályozása érdekében;
Fenntartható városfejlesztés: a növekedési térségek vonzásképességének és megközelíthetőségének támogatása.
A program költségvetését az Európai Regionális Fejlesztési Alap biztosítja a résztvevő tagállamok allokációjának megfelelően. A tervezett költségvetés a 2007-2013-as időszakra Magyarországon 21,3 millió euró.
