Az Estonian Air ´90-es évekbeli privatizációja során az észt állam kisebbségi részvényes maradt. A részvények többsége a skandináv Scandinavian Airlines System (SAS) tulajdonába került.
Az időközben súlyos helyzetbe került, gondokkal küzdő SAS azonban képtelen finanszírozni az Estonian veszteségeit. Legutóbbi hírek szerint az észt állam tőkeemelés útján menti meg a céget, melynek révén tulajdoni részesedése 66%-ra emelkedik.
