A legnagyobb frekvenciával repült desztináció Amszterdam heti 28 járattal, illetve London heti 26 járattal. Újdonság, hogy a magyar légitársaság napi két járata hétköznapokon, reggel és este a Gatwick repülőtérre közlekedik, szombaton és vasárnap egy-egy Malév-járat repül Gatwick-re. Jelentős frekvenciabővítés jellemzi a Malév nyári menetrendjét, Londonba, Bukarestbe például napi négy, Malagára heti négy járatot indít a légitársaság, ez a tavalyi kapacitás kétszeresét jelenti. A FlyBalaton repülőtérre is a tavalyinál jóval több járatot közlekedtet a légitársaság, szombatonként Berlinből, Stuttgartból és Stockholmból indulnak járatok. Az Iberia spanyol légitársasággal kötött code-share megállapodás értelmében olyan városok is elérhetőek lesznek egy repülőjeggyel, jó csatlakozással, kedvező áron a Malév utasai számára, mint Barcelona, Sevilla vagy Bilbao. A magyar nemzeti légitársaság immár hagyományosnak mondható nyári desztinációi is szerepelnek a 2006-os célállomások között. Ezen a nyáron is biztosítja a Malév a közvetlen menetrend szerint légi kapcsolatot Dubrovnikba, Splitbe, Burgaszba és Malagára. A nyári menetrendben a New York-i járat heti 7 alkalommal indul, a torontói járat pedig heti 5 alkalommal közlekedik. Március 29-étől a New York-i JFK repülőtér eddigi hármas terminálja helyett, az American Airlines 8-as termináljára érkeznek, és innen is indulnak a Malév gépek. Az American Airlines-szal kötött kereskedelmi megállapodásnak köszönhetően 18 észak-amerikai város érhető el Budapestről mindössze egy átszállással és egy repülőjeggyel. A Malév nyári menetrendje március 26-án 00.00 órakor lépett életbe.