Tomás Král vezető régész szerint a kápolna oldalain lévő négy nagy piramis csontjainak megtisztítása aprólékos, nagyon időigényes munka lesz, várhatóan több hónapig tart. "Minden egyes csont a kiemelés után egy papírdobozba kerül, amelyen be lesz jelölve a pontos helye. A megtisztítás után a számozás alapján újra össze kell majd rakni a piramisokat. Nagy probléma, hogyan helyettesítsük azokat a csontokat, amelyek meg vannak sérülve" - nyilatkozta a Mladá Fronta Dnes című lapnak Král.

A restaurálás teljes költségét mintegy 55 millió koronára (693 millió forint) becsülik. Pavel Tobek plébános közölte, hogy az eddig elvégzett munkák már 37 millió koronába (466 millió forint) kerültek. Vít Mlázovsky, a felújítási projekt vezetője a lapnak azt mondta, hogy elsősorban a piramisok alján lévő csontok egy része deformált és sérült. Szerinte csak a tisztítási munkák során tudják majd konkrétan megállapítani, hogy mit is bírnak ki tulajdonképpen az évszázadok óta egy helyen fekvő csontok. Szakértők megállapították, hogy a csontokat helyenként kikezdte a penész, és kedvezőtlen számukra a kápolna magas nedvességtartalma is. A műemlék a felújítási munkálatok idején is látogatható, a felújítást ugyanis nagyrészt a belépők árából fedezik.

A Csontkápolna a kelet-csehországi régió egyik leglátogatottabb nevezetessége. A kápolna a helyi Mindenszentek templomának része, és szinte minden belső berendezése emberi csontokból, a becslések szerint legalább 50 ezer elhunyt maradványaiból készült. Szakértői becslések szerint a kápolna négy piramisában és a falak mentén mintegy 50-60 ezer emberi koponya és mintegy 420-450 ezer egyéb emberi csont van elhelyezve. A Csontkápolna mai formája a 18. század elején jött létre, amikor a cisztercita rend kolostorához tartozó kápolnát felújították. Miután a kápolna a 19. században a magyar főúri családokkal is rokonságban álló Schwarzenberg család tulajdonába került, Frantisek Rint fafaragó elkészítette csontokból a cseh-német arisztokrata család címerpajzsát is, amely a kápolna egyik leglátványosabb eleme. A címer, a kereszt, a csillárok, a harang és több más csontból készült belső berendezés már átesett a restauráláson.