Az EKF-vezetők lemondásának sorát Takáts József nyitotta meg, aki a pályázat írója és az egész program szellemi vezére volt. Miután a pályázatot a város megnyerte, úgy érezte a továbbiakban véleményére, meglátásaira már nem tartottak igényt. Tarrósy István, aki a programot irányító szervezet vezetője volt, hasonló okok miatt távozott. Freivogel Gábort, az EKF építész igazgatóját pedig felállították egy holland lapnak tett nyilatkozatát követően. Kiss Tibor, az EKF általános igazgatója más fontos feladatai miatt mondott le. Méhes Márton az ötödik a sorban a kulturális főváros program meghatározó személyiségei közül, aki távozik.
Mint a lemondott művészeti igazgató nyilatkozatában olvasható, azért jutott erre a súlyos és számára egyáltalán nem örömteli elhatározásra, mert a továbbiakban nem lát garanciát azokra a működési keretekre és lehetőségekre, amelyek e felelősségteljes feladat eredeti céloknak megfelelő és magas színvonalon történő ellátását lehetővé tennék a számára, és nem lát esélyt arra, hogy ez a helyzet bármikor a jövőben megváltozhatna. Nyílt levelében kitért arra is, hogy az utóbbi hónapokban Pécs vezetői, illetve az EKF-program főigazgatója alapjaiban és egy oldalúan megváltoztatták a város korábbi, kinevezésekor egyértelműen képviselt szándékát - amelyet Brüsszel és több nemzetközi szakember és tanácsadó is megerősített -, amelynek értelmében a Pécs 2010 program döntési joggal rendelkező, stratégiai tervezéssel megbízott, kizárólagosan szakmai alapon és önállóan működő művészeti igazgatójaként ténykedhetne.
Ezt mi sem bizonyítja jobban, mint a pécsi közgyűlés 2007. november 8-án elfogadott „Az Európa Kulturális Fővárosa - Pécs 2010 támogatások” nevet viselő szabályzata, amely a művészeti igazgatót minden olyan eszköztől megfosztja, amelyekkel érdemben befolyásolhatná a város által az EKF művészeti és kulturális programjainak támogatására elkülönített keret felhasználását.
Mészáros Andrást, a Pécs 2010 Menedzsment Központ főigazgatóját váratlanul érte Méhes Márton döntése, amelynek semmiféle előjele nem volt az elmúlt fél évben. Sajnálatosnak tartja, hogy a művészeti igazgató a polgármester és a menedzsment tájékoztatása nélkül döntött arról, hogy székéből feláll. Hangsúlyozta, már a kezdetektől fogva hangot adott annak a véleményének, hogy a Pécs 2010 Menedzsment Központ csak cégszerűen tud jól működni. Tasnádi Péter, Pécs polgármestere tudomásul vette a művészeti igazgató lemondását, Hiller István kulturális miniszter pedig nemtetszésének adott hangot, és jelezte neki is lesz jelöltje a művészeti igazgatói posztra.
