A január és a február az elmúlt évben még a megszokottak szerint alakult, márciusban azonban gyökeres változások álltak be a koronavírus-járvány miatt. A menentrend szerinti közlekedés május közepére szinte teljesen leállt, az állampolgárok hazaszállítását szolgáló, illetve áruszállító járatok közlekedtek csak. Az Air France 2100 repatrációs járatot üzemeltetett, amelyek fedélzetén 250 ezer francia állampolgárt szállított haza biztonságban.
Az év során az Air France a 2019-es szinthez képest 58,7 százalékkal kevesebb kapacitást tudott csak felkínálni. Az utolsó negyedévben az Air France biztosította a második legtöbb, naponta átlagosan mintegy 300 járatot Európában. A járattörlések miatt 3 millió utasnak térítette vissza a jegyek árát összesen 1,7 milliárd euró értékben.
A rendkívüli helyzet miatt a társaság bevezette az Air France Protect programot. Ennek keretében minden repülőjegy foglalási osztálytól függetlenül bármikor módosítható, ára teljes egészében visszaigényelhető, az Allianz Travellel közösen olyan utasbiztosítás áll rendelkezésre, amely a koronavírus-járvány hatásaira is kiterjed. A fedélzeten is szigorú egészségügyi intézkedéseket vezetett be a vállalat, amely a Skytrax-től négycsillagos Covid-biztonsági értékelést kapott.
A gazdaság működőképességének megőrzése érdekében az Air France minden áruszállító kapacitását bevetette, és újdonságként utasszállító járatokat is bevont a feladatba. Cargo géppel 557, utasszállítóval pedig további 1850 járat indult el. Az Air France 2020-ban 376 ezer tonna árut szállított.
Air France számára ebben a helyzetben is kiemelten fontos volt a fenntarthatóság, olyan intézkedéseket vezetett be, amelyek tovább csökkentették a repülés környezeti lábnyomát. A pontosabb üzemanyag-tervezés és környezettudatosággot szem előtt tartó pilótaeljárások okán a forgalomcsökkenésből adódó visszaesésen felül további 400 ezer tonnával mérséklődött a társaság szén-dioxid-kibocsátása. A flottában 16 új generációs repülőgép volt az év végén, miután folytatódott, és idén is folytatódik az Airbus A350-esek átvétele.