A 2006-os választásokon a Békés megyei területi listán parlamenti mandátumot szerzett Varga tagja a Költségvetési, pénzügyi és számvevőszéki bizottságnak, valamint az ORTT költségvetési törvényjavaslatát előkészítő albizottságának. A közel kétórás meghallgatás alatt ellenzéki oldalról záporoztak a konkrét szakmai feladatokra vonatkozó kérdések, miután Varga Zoltán tömör bevezetőjében általánosságokat említve igyekezett bemutatni az általa vezetendő tárca következő egyéves terveit, amelyek a válságkezelésre, valamint a minisztérium olcsóbb, hatékonyabb és átláthatóbb működésre vonatkoznak. Előbbieket, valamint a Varga által felügyelendő területek közül a sportot és a turizmust illetően konkrét cselekvési tervek nem hangzottak el. Míg a bizottság fideszes tagjai kifogásolva a leendő miniszter elmúlt három évi passzivitását is, határozott válaszokat vártak több tucatnyi kérdésükre, addig a kormányzó párt delegáltjai elismerve az ellenzékiek ellenérveit és kérdéseik jogosságát, igyekeztek a miniszterjelöltet szorult helyzetéből menteni, hivatkozva arra, hogy egy hét alatt, amióta Varga tudja, hogy a miniszteri poszt várományosa, nem lehet felkészülni az ülésen számon kértek mindegyikére, és a meghallgatás lényege nem is ez, hanem a rátermettség bemutatása. Hosszas, nem egyszer személyeskedésbe is átmenő érvelés, ellenérvelés és azután, hogy a miniszterjelölt maga is elismerte, hogy nem készült konkrétumokkal a szerdai meghallgatásra, a bizottság az MSZP és az SZDSZ támogató szavazatával többségi támogatásról biztosította Varga Zoltán miniszterjelöltet. Varga egyébként leszögezte, hogy pár hét múlva kész a bizottság előtt újból megjelenni és akkor már konkrétumokról egyeztetni.