Az Ügynökség ezzel segíti elő, hogy ne kerüljenek veszélybe a nagy értékű beszerzésekkel vagy szolgáltatásokkal tervezett projektek. Hasonló kompenzációra korábban is sor került. Az NFÜ javaslata alapján a Kormány 2009 májusában már elfogadott egy előterjesztést a forint árfolyamának jelentős gyengüléséből adódó hatás ellensúlyozására, most a megemelkedett ÁFA kompenzációjáról született döntés.

Az általános forgalmi adó évközi emelése az európai uniós forrásból finanszírozott, az ÚMFT keretében már leszerződött támogatásokat és projekteket is érinti. Az adóemelés bizonyos esetekben késleltetheti vagy megnehezítheti a projekt elkezdését, illetve annak megvalósítását. Az NFÜ úgy kívánja felhasználni a rendelkezésre álló forrásokat, hogy a projektgazdák számára le nem vonható és el nem számolható költséggel (áfa) érintett beszerzések vagy szolgáltatások ne kerüljenek veszélybe, az adóemeléssel kedvezőtlenül érintett projektek az eredeti tartalommal és határidővel megvalósulhassanak.

Minden olyan projektgazdát kedvezőtlenül érint az áfa emelése, amely a projekt egészét vagy egy részét tekintve nem rendelkezik áfa-levonási joggal. Eltérő mértékben ugyan, de minden operatív programot érinthet az áfa emelése, mivel az mind az eszközbeszerzéseket, mind az igénybe vett szolgáltatásokat terheli. A kompenzációs eljárásrend elsősorban azokra a projektekre fókuszál, ahol a pályázat benyújtása már megtörtént, a projektgazda nem vagy csak részben jogosult az áfa levonására, és az áfa-emelés tényleges költségnövekedést okoz, melynek mértéke minimum 2%, de legalább 5 millió forint. Az áfa-emelés miatti többletkiadásra is érvényesíteni kell a társfinanszírozás és kockázatmegosztás elvét (a pályázónak arányos önrészt kell biztosítania), valamint csak az igazolható és realizált többletkiadás lehet a kompenzáció alapja.

Az eljárásrend lényege, hogy a projektgazdák a támogatási kérelem benyújtásakor a kérelemhez projektköltségvetést csatolnak, ebben bemutatják a tervezett beszerzésekre, szolgáltatásokra szánt kiadásokat. Abban az esetben, ha a projektgazda nem áfa-alany, vagy nem rendelkezik, esetleg csak részben rendelkezik áfa-levonási joggal, illetve arányosítással állapítja meg a levonható és a le nem vonható áfát, beszerzéseit áfával növelt összegben tervezheti, tehát ebben az esetben az áfa elszámolható a támogatás terhére a támogatási intenzitás arányában.

Az áfa-emelés hatásának bemutatása és mértékének alátámasztása a pályázó feladata. Továbbra is elvárás, hogy a projektgazda mindent megtegyen a többletkiadások elkerülése, vagy mérséklése érdekében. Átcsoportosítással, megtakarítással, kiadások csökkentésével, alternatív beszerzési források felkutatásával járulhat hozzá a források hatékonyabb felhasználásához. Meg kell jegyezni azonban azt is, hogy az évközi adóváltozások a projektek szempontjából akár megtakarítást is eredményezhetnek, például a munkavállalói járulék csökkentése miatt.

Az Ügynökség a jövőben kiírásra kerülő pályázatok esetében is biztosítani kívánja a le nem vonható áfa elszámolásának lehetőségét. Továbbra is lehetőség adódik a projektköltségvetésben jelentkező megtakarítások alapján az átcsoportosításra, valamint az előre nem látható költségekre képzett tartalék tervezésére.