Minden olyan projektgazdát kedvezőtlenül érint az általános forgalmi adó emelése, amely a projekt egészét vagy egy részét tekintve nem rendelkezik ÁFA-levonási joggal. Eltérő mértékben ugyan, de minden operatív programot érinthet az ÁFA emelése, mivel az mind az eszközbeszerzéseket, mind az igénybe vett szolgáltatásokat terheli. Ezért az NFÜ úgy kívánja felhasználni a rendelkezésre álló forrásokat, hogy a projektgazdák számára a le nem vonható ÁFÁ-val érintett beszerzéseket vagy szolgáltatásokat az adóemelés ne érintse kedvezőtlenül, a projektek az eredeti tartalommal és határidővel megvalósulhassanak.

ÁFA-kompenzációra jogosult minden olyan projekt kedvezményezettje, ahol a pályázat költségvetése nem 27%-os áfával került megtervezésre és a projektgazda nem vagy csak részben jogosult az áfa levonására, ezért a projektje keretében elszámolható költség a le nem vonható ÁFA, és az ÁFA-emelés tényleges költségnövekedést okoz.

Támogatási szerződéssel, illetve támogatói okirattal rendelkező kedvezményezettek esetében:

A kompenzáció a támogatási szerződés módosítására irányuló kérelem keretében igényelhető a közreműködő szervezeten keresztül legkésőbb a záró kifizetési igényléssel egyidejűleg, és annak biztosítása a támogatási szerződés módosítását igényli. Az ÁFA-emelés miatti többletkiadásra is érvényesíteni kell a társfinanszírozás és kockázatmegosztás elvét (a kedvezményezettnek arányos önrészt kell biztosítania), valamint csak az igazolható és realizált többletkiadás lehet a kompenzációs kifizetés alapja.

Az ÁFA mértékének változása miatti költségnövekmény részletezése és a költség-növekedés mértékének alátámasztása a kedvezményezett feladata. A támogatási szerződés-módosítási kérelemhez csatolni kell a projekt megemelt ÁFA-mértékkel átdolgozott költségvetését.

Támogatási döntéssel, illetve támogatási szerződéssel még nem rendelkező projektek esetében:

A 2009. július 1-jét megelőzően benyújtott és 20%-os, 2009. július 1. és 2011. december 31-e között benyújtott és 25%-os ÁFÁ-val tervezett, támogatási döntéssel már rendelkező projektek esetében a költségvetés a szerződéskötést megelőzően 27%-os ÁFA-mértékkel és magasabb támogatási igénnyel áttervezésre kerülhet.

A 2012. január 1-je előtt már benyújtott, de támogatási döntéssel még nem rendelkező projektek esetében a támogatási döntés meghozatalakor a 25%-os ÁFÁ-val tervezetett projektelemek/ költségkategóriák maximálisan elszámolható költsége 1,6%-kal automatikusan megemelésre kerül.

A 20%-os ÁFÁ-val tervezett projektelemek esetében az elszámolható költség 5,83%-kal kerül megemelésre.

Amennyiben a támogatási szerződéssel még nem rendelkező kedvezményezett igényt tart a megemelt támogatási összegre, úgy

* a támogatási szerződés megkötéséig át kell dolgoznia a költségvetését az ÁFA növekmény tervezett összegével;
* nyilatkoznia szükséges az elszámolható költség megemeléséből adódó megemelkedett önrész, illetve – amennyiben releváns – biztosíték rendelkezésre állásáról.

Az áttervezés eredményeképpen a támogatási szerződésbe már a megemelkedett ÁFA-tartalommal kerül a megtervezett költségvetés, így ez lesz a későbbi elszámolás alapja.