A fekete gólyák többsége március 15-e után érkezik meg a faj legnagyobb hazai állományának otthont adó Gemenci erdőbe. Tipikus fészkelő helyei a tölgy-kőris-szil ligeterdők idős kocsányos tölgyfái. Az egyes párok területhűsége rendkívül változó. Fő táplálékuk az apró hal, béka, rovar.
Az első fiókák május elején jönnek a világra. A kirepülés akár már július közepén megkezdődhet, de zömmel augusztus 10-e körül zajlik. Ezt követően néhány hetet még a fészkelőhely közelében tartózkodnak, majd útra kelnek. A fekete gólyák két fő vonulási útvonala közül az egyik a Gibraltári-szoroson, a másik a Boszporuszon vezet át.
Magyarországon az 1990-es évek közepe óta 150 párról 300-ra nőtt a fekete gólyák állománya. A faj a legnagyobb létszámban a Baltikumban fészkel, a legsűrűbb hazai állománya - hozzávetőlegesen 55-60 pár - a Duna mentén, a Gemenc Zrt. területein található.