A kormányrendelet kimondja: a miniszterelnök az ügynökség irányítását a miniszterelnökséget vezető államtitkáron keresztül látja el. Az NFÜ elnökhelyetteseit szintén a miniszterelnök nevezi ki és menti fel. Időtartamról nincs szó.
Az NFÜ jogszabály alkotását ezentúl nem a fejlesztéspolitikáért felelős miniszternél kezdeményezhet, hanem szintén a miniszterelnökséget vezető államtitkára révén a kormány jogszabály előkészítéséért felelős tagjánál.
Ugyanígy a miniszterelnökség útján véleményezeti a feladat- és hatáskörét érintő jogszabálytervezeteket.
A nemzeti fejlesztési miniszter szerepe is módosul a hónap végétől. A rendelet hatályba lépését követően a miniszter nem felel az uniós fejlesztési forrásokhoz kapcsolódó fejlesztéspolitikáért.
